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PubMed简介及使用说明

发布时间2012-11-12 22:36:55 浏览:1617

简介

PubMed为美国国家医学图书馆的美国国家生技资讯中心(NCBI)所制作之生物医学相关文献的书目索引摘要型资料库,目前收录1950年以来约1400多万笔生物医学相关书目资料,并提供部分免费及付费全文连结服务,需要收费的全文,读者可自行与出版社接洽。

较之于MEDLINE资料以生物医学、生命科学、生化学、行为科学为主,PubMed资料库范围更涵盖了如下内容:

1. 对于超出学科范围(如:资讯科学、航太科学) 的特定生命科学、医学、化学相关之期刊文章都会收录于本资料库中;

2. 收录即将出版的医学论文;

3. 已由NLM审核通过并已由PubMed Central典藏的全文文献亦收录之。

美国国家生技资讯中心(NCBI)制作了一系列的生物医学资料库如下:

1. PubMed:生物医学文献书目索引摘要资料库。

2. Nucleotide:包含GenBank、RefSeq、PDB资料库中的人类基因序列资料。

3. Protein:整合了SwissProt、PIR、PRF、PDB、GenBank及RefSeq资料库中的资料,并可参照Taxonomy资料库,了解特定种类的蛋白质的在资料库中分类状况的相关说明。

4. Structure:分子构造资料库。

5. Genome:基因组合序列资料库。

6. PopSet:可查询某族群的基因序列,了解该族群演进之相关资料。

7. OMIM:遗传学资料库。

8. Taxonomy:在NCBI基因资料库中提及的微生物的核酸或蛋白质序列的分类状况之相关说明。

9. Books:收录C. elegans II.、Introduction to Genetic Analysis. 7th ed.、Modern Genetic Analysis.、Molecular Biology of the Cell. 3rd ed.、Molecular Cell Biology. 4th ed.、Retroviruses.等六本书。

10. ProbeSet:以检索的方式使用基因学诠释文献资料库。

11. 3D Domains:以3D方式呈现细胞结构。


贰、 连线方式

直接连至网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?holding=itwcathlib_fft_ndi

,即可使用已设定国泰医图Link-OutPubMed资料库。

参、 检索方式

一、 主画面功能介绍


(一)关于Entrez检索系统:Entrez是一Web-based检索系统,用以检索下图所示各资料库,只要从其中一个资料库出发,可在检索结果中进行跨资料库的检索。


(二) 辅助说明

PubMed资料库中备有详尽的资料库线上操作求助讯息,包括:HelpFAQTutorialNew/Noteworthy 以便使用者自学;另有网站资料、功能异动讯息以告知使用者应注意的事项。


(三) 检索区

使用者在对话框中输入欲查询的主题词汇、作者、刊名、文献识别号(PMID)…等即可建立检索,取得检索结果。


(四) 功能快捷列

1. Limits

使用者可限制查询的栏位、附摘要的文献、出版品的类型、语文、主题类别(如:AIDS、Bioethics…)、研究对象年龄层、研究对象(人类或动物)、性别、系统最近更新时间、出版时间。

2. Preview/Index

Preview可预览:

a.先前检索结果之笔数,并决定是否要修正检索策略,如不修正亦

可从笔数直接连至检索结果。

b.亦可在「Add Term(s) to Query or View Index」输入词汇预览检索结果之笔数,或是输入后按下Index,看各栏位中该词出现的资料笔数,并选择AND、OR、NOT加入原有的检索策略中进行检索。

3. History

每个检索步骤系统都会产生一个检索号码,在本区可看到所有的检索步骤历史记录。如要运用先前的检索策略,可直接输入检索号码并加以布林逻辑运算,如: #2 AND #3,表示将第二个及第三个检索步骤加以交集运算。若八小时内未再进行任何检索步骤,则此记录将被系统消除,此外,以#标示的步骤号码所储存的检索策略将被系统视为无效的检索策略,下次登入系统时,将无法以#标示的检索策略追踪新增的文献资料。

4. Clipboard

该资料区可暂存检索一次或是多次的检索结果,以进行后续的列印、储存、或文献传递服务之订购,最多可显示500笔记录,同样地,若八小时内未再执行任何步骤的话,则记录将被系统消除。

5. Details

使用者输入检索词后,可在此检视PubMed如何将检索词转换成系统控制词汇,并可直接在PubMed Query中进行检索策略之编辑。若需储存该次检索策略,可直接按下URL键,并配合浏览器所提供之书签(Bookmark)功能,将该检索策略以网址形式储存在浏览器中的书签档案中,以便日后之使用。


(五) PubMed服务项目

1. Journal Database: 可透过输入期刊刊名、ISSN或Medline刊名缩写查询期刊的出版资讯。

2. MeSH Database:点选此功能后,在检索栏位中输入欲查询的词汇,可浏览PubMed资料库中所使用控制词汇。

3. Single Citation Matcher:使用栏位化的检索方式,找寻特定刊名、卷期、作者、篇名的文献资料。

4. Batch Citation Matcher:以指令式的方式批次检索资料库中相关的文献,只要输入刊名、年代、卷期、起始页、作者名、关键词其中部分栏位资料即可。

5. Clinical Queries: 临床病理资料,本功能提供临床病理资料之查询,并依Haynes RB等专家所制订的最佳化检索策略之机制,使用者可先行选择检索方向,如:治疗方式(Therapy)、诊断方式(Diagnosis)、病因(Etiology)预后状况(Prognosis)其中的一类,并可选择预期之检索结果是较具相关性(sensitivity)或精确率(specificity)较高的。

6. LinkOut:LinkOut为PubMed提供使用者连结外部网路资源之功能选项,连结内容包括国外图书馆馆藏目录、线上电子全文、书目资料库清单、消费者健康资讯、研究参考资料等资讯。如有外部资源的连结,使用者可在PubMed摘要书目中看到LinkOut此一选项。

7. 免费个人化检索服务—My NCBI:在MY NCBI服务页建立个人检索帐号/密码后,即可使用个人化检索服务,该服务提供储存/删除检索结果、My LinkOut设定及文献传递等个人化服务



二、 检索技巧

() 常用的检索方式:

1. 主题概念检索:

检索词的转换:在检索词汇方面,使用者所输入的检索词都将自动被转换对映至MeSH,但系统会同时以MeSH及Text Word方式进行检索,例如检索vitamin h,系统将以Biotin[MeSH] OR vitamin h[Text Word]进行检索。如果需找特定词汇,可在词汇间加入引号,如:”single cell ”。

2. 刊名检索: 输入刊名全称、缩写或是ISSN号码时,系统将自动对应至刊名检索,例如输入:new England journal of medicine,将被转换成N Engl J Med[Journal Name],其意义同N Engl J Med[ta]。

3. 作者查询: 输入形式为:姓 名字的首字缩写,例如smith ja。使用者亦可用指令方式查询作者名:lai my[au];或是在「limit」功能中指定查询作者名。


(二) 切截

如英美文字的拼法或是词尾的变化而需要模糊查询时,可使用*作为切截符号,如:flavor*,可找到以flavor开头的字,如:flavored、flavorful..,最多可显示150笔以此字开头的资料。但是*是以单字词为主要使用对象,如查询:infection*可以找到infections,但无法找到infection control。


(三) 布林逻辑

PubMed接受AND、OR、NOT布林逻辑语法,但需以大写输入,如:vitamin c OR zinc,如欲同时使用两个以上的布林语法,则可利用括弧『( )』以利系统判定执行之先后,如:common cold AND (vitamin c OR zinc),括弧中的主题概念之组合将先被运算后视为一个概念再与括弧外的主题概念进行布林逻辑之运算。


三、 检索结果:

Nosebleed为检索例,所得检索结果呈现方式如下图所示,兹分述细项功能如下:



1. 展示: 可选择以一般格式(Summary)、简要格式(Brief)、含摘要格式(Abstract)、XML格式、显示是否有LinkOut(提供相关的网路资源连结)…等格式显示所有的书目记录。 若选择摘要格式(Abstract),可以看到本馆收录电子全文的馆藏图示,并可直接连结全文。

2. 显示笔数:可选择每页欲显示的检索结果之笔数,系统预设为20笔。

3. 排序:可选择以作者或刊名或出版日期排序。

4. Send to:使用者可勾选欲储存的检索结果,如未勾选,系统预设为全选,再选择下拉清单中Save键,并输入”自订的档名.txt”,可将检索结果储存在local端的电脑中。如按下「Text」键,将以纯文字档显示当页检索结果。或send to ClipboardE-mail等。

5. 检索结果:

在检索结果中,每一笔记录都标示着「Related Articles相关文献」,相关文献以同一主题概念在不同文章中出现的频率为计算基准,两篇文献有愈多相近的主题概念表示愈相关,PubMed据以评量提供「相关文献」。

如按下作者姓名的超连结,可显示该笔的书目附摘要的详细记录,记录旁亦有「Related Articles」及「Links」。「Links」提供「Books」及「LinkOut」两种选择,其中「Books」为从摘要中撷取主题概念并列出相关的MeSH主题词,可连至相关的电子书全文;「LinkOut」为线上电子全文、书目资料库清单、消费者健康资讯、研究资料等外部连结资料。此外,每笔书目记录均会标示PMID,如:PMID: 7998669,表示这篇文献在系统中的流水编号为7998669,申请馆际合作文件时如填上此号码,可加速找到该文件。



肆、 全文之取得

() PubMed Central

PubMed Central为美国国家医学图书馆生命科学数位文献中心,目前收录Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials等240余种全文电子期刊,提供HTML及PDF格式之免费电子全文。

() 本馆馆藏

(1) 本院读者:将所需之书目记录中的刊名,查询本馆馆藏目录http://lib.cgh.org.tw/torica97web/,以得知是否收录该卷期之期刊,如本馆有此馆藏,纸本资源请至现期期刊室或装订期刊室使用;电子资源请于院内网路或本馆电子资源检索区点选该电子资源之连结进行使用。

(2) 院外读者:除可按上述说明取得本馆所购置之全文外,如无暇亲至本馆使用,亦可于本馆预存基金,以申请院外人士文献传递服务。

() 全国馆际合作系统

如未能于本馆馆藏目录查获所需资料,院内读者可透过全国馆际合作系统http://ndds.stpi.org.tw/中的「读者资料管理」功能,申请个人帐号,俟帐号通过审核后,即可线上申请文献传递服务,使用者需将欲申购的文献书目资料键入需求表单中,收费方式则依据各馆政策。

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